เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2551 มีทหารสังกัดกองพันทหารช่าง กองพลนาวิกโยธิน เสียชีวิตในการปฏิบัติหน้าที่ 1 นาย จากความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย[19] ส่วนปี พ.ศ. 2555 กองพันทหารช่าง กองพลนาวิกโยธิน ได้สร้างบ้านให้แก่มารดาของทหารสังกัดกรมสนับสนุน กองพลนาวิกโยธิน ที่ได้รับบาดเจ็บสาหัสจากเหตุระเบิด[20][21]

นอกจากนี้ กองพันทหารช่างยังเป็นหนึ่งในหน่วยที่เข้าร่วมการผลัดเปลี่ยนกำลังพลประจำปีงบประมาณ 2561[22][23]